עמוס מוקדי נולד בוינה, אוסטריה ב-1931 להוריו
יהושע ברנדשטטר ומרגוט קלאוזנר, עלה לארץ ב-1932,
גדל והתחנך בקיבוץ משמר העמק וכנער השתתף בהגנת הקיבוץ בקרבות שפרצו לפני הקמת המדינה. מאוחר יותר סיים מוקדי את לימודיו בבית הספר תיכון חדש בתל אביב, ואחרי שירותו הצבאי נסע ללונדון, למד באקדמיה למשחק, סנטרל סקול, ושם זכה, יחד עם ג'ודי דנץ', בפרס היוקרתי ע"ש וויליאם פואל.

במחציתם הראשונה של חייו הבוגרים, מוקדי שיחק, ביים וכתב לתיאטרון, לקולנוע ולרדיו בארץ ובאנגליה (כולל שני מסעי הופעות מחוף לחוף בארה"ב, בהם גילם את אבלארד ב"אבלארד ואלואיז" מאת רונלד דאנקן). הסרט שהפיק , "צלילה חוזרת", זכה בפרס הסרט הטוב בישראל ל-1981 והשתתף בפסטיבל הקולנוע של ברלין ב-1982.

מוקדי ייסד מספר תיאטראות ושימש בהם כמנהל אמנותי – בארץ,
את תיאטרון "שחרית", שבו למדו והופיעו טליה שפירא ז"ל, עזרא דגן, יוסי רונן וגד קינר, ובאנגליה את התיאטרון העירוני לנוער באקסטר ואת תיאטרון הפרינג' "The Act Inn Theatre club" בלונדון, בו העלה למעלה משלושים מחזות מקוריים, בכורות עולמיות ובריטיות של מחזות קלאסיים ועוד. התיאטרון זכה, בין השאר, לכינוי "נקודת האור בווסט אנד" (איזור התיאטרונים בלונדון) ("דרמה", אגודת הדרמה הבריטית, יוני 1973).

מוקדי הינו פעיל שלום ותיק. בשנים האחרונות ביים סרטים העוסקים בפעילות שלום בין ילדים ונוער הקשורות בחינוך האנתרופוסופי, שביניהם "אקיחיריה" ("השלום האולימפי") המתעד ילדים מ-10 קהילות באיזורי סכסוך בעולם שנפגשים בדלפי ואולימפיה לתחרויות-שלום, ו"פרחי התקווה", על ילדים בני תשע מישראל ופלשתין, שמעבדים יחד חלקות אדמה במשך שנה שלמה. על הסרט "פרחי התקוה", המוקרן במאות בתי ספר בארץ ובעולם, כתב דויד גרוסמן: "בפשטות ובעדינות לוקח אותנו הסרט לעצם שורשיהם של הדברים, אלה שכמעט נשכחו אחרי עשורים של חיים באיזור אסון – אל המגע הטבעי והחם שבין ילד אחד לאחר... כשצפיתי בסרט, חשתי עד מה קרובים – ממש בהישג יד – הסליחה והזרע הנדיב שעדיין חיים בנו, שהננו נידונים כביכול להתעלם מהם, כדי שנוכל 'למלא את תפקידנו' הנורא בסכסוך."

ספריו של מוקדי כוללים את הטרילוגיה על חיי עמוס הנביא,
"חיי נביא", עלֶיה נכתב שהיא "אחת היצירות הספרותיות הגדולות שנכתבו בארץ בעשור האחרון" (נסים קריספיל, "מעריב", 9.6.95); קובץ הסיפורים, "אחותי איליאה", על ילדה המנהלת שיחות עם אחותה שהלכה לעולמה; "פרדיגמה יהודית חדשה", עיון במשבר הרוחני שביהדות בת זמננו; והרומן "פשוט לחיות", שמבוסס על חיי אביו, יהושע ברנדשטטר, תחת השלטון העותומני והבריטי במושבה בגליל ובאחד מראשוני הקיבוצים בעמק יזרעאל.

ב-2006, תרגם וביים מוקדי בהפקה ישראלית-פלשתינאית את "הסערה", מחזהו האחרון של וויליאם שייקספיר, בשיתוף פסטיבל כפר בלום. על ההצגה כתב פרופ' גד קינר מאוניברסיטת תל אביב: "הפקת 'הסערה' היא אחת החוויות התרבותיות המעמיקות, האנינות והמענגות ביותר בהן צפיתי על במה ישראלית מזה זמן רב... איזה עולם אמיץ, חדש, נהדר יצרתם עבורנו בעיבורה של השממה הצחיחה כל כך של זירת התיאטרון הישראלי הממוסד!" תרגום "הסערה" יצא כספר ב-2013, כולל מהדורת DVD, ונמצא למכירה בחנויות הספרים.

ספרו האחרון של מוקדי הינו רומן בשם "מלאכים על התקרה", שמספר על ישראלי ופלשתינאי המגלים אם משותפת בברלין. הספר התפרסם בעברית, ב-2012, ובגרמנית ב-2014.

לעמוס מוקדי, שחי בתל אביב עם ברכה ציטרין, חמישה ילדים.